Займає площу 648,7 тис. га, має по периметру 2-х кілометрову охоронну зону площею 98,9 тис. га. Територія заповідника включає частину басейнів річок Негус'ях і Малий Юган - правих приток, що впадає в Об,
Великого Югана. Центральна садиба заповідника розташована в с. Угут, найбільшим населеним пунктом поблизу заповідника з населенням близько 2 тисяч чоловік. Відстань найближчій і найдальшої точок заповідника від центральної садиби становить 30 і 160 км. Поблизу кордонів заповідника уздовж річок традиційно живуть нечисленні сім'ї ханти. Лексние наукові дослідження проводяться на двох стаціонарах: "Вуяяни" і "Когончіни-2".
Тут закладені облікові і фенологічні маршрути, пробні площі, проводяться роботи з кільцювання птахів.

З позицій сьогоднішнього дня чітко видно своєчасність створення заповідника і розумно сплановані проектувальниками кордону. За часів організації заповідника в південній лівобережній частині Сургутської району практично була відсутня будь-яка промисловість. В даний час заповідник оточений нафтогазовими родовищами, більшість з яких вже виставлені на тендер або здані в оренду.

Рослинний світ заповідника
Рослинність заповідника відноситься до Об-іртишських геоботанічних провінції среднетаежной під зони тайговій зони.

Зональний типом корінних лісових спільнот вододілів є ялицево - кедрові з ялицею лісу. Корінні лісу в основному вигоріли під час катастрофічних лісових пожеж минулого століття, збереглися лише невеликі ділянки. Ялицево-кедрові з ялицею ліси мають одно-або двох'ярусне будову. Перший ярус складається з кедра, ялиці, смереки. Іноді в першому ярусі присутній другого покоління кедра. Деревостой розріджене через те, що старовозрастние ялина і ялиця відмирають; багато сухостою і хмизу. Другий ярус утворений тими ж хвойними породами більш пізніх генерацій, виражений досить слабко або зовсім відсутня. Іноді другий ярус як такої не виражений, окремі дерева ростуть у вікнах, що утворилися при відмирання дерев першого ярусу. Напочвенний покрив в цих лісах має мелкотравно - зеленомошний склад.

На більшій частині території заповідника переважають вторинні ліси, що представляють різні стадії після пожежної сукцесії корінних лісів.

На вододілах річки Негус'ях переважають мелкотравно-зеленомошние осикові лісу; займають підвищені форми рельєфу з легко-і середньосуглинистих підзолистими грунтами. Перший ярус цих лісів представлений переважно осикою віком 130-140 років. До складу древостоя входить сосна, кедр, береза, одинично ялина і ялиця. Осики, в більшості своїй, вражені грибними хворобами, тому знаходяться зараз на стадії відмирання. Другий ярус утворений темнохвойних породами: кедром, ялина, ялиця. Вік другу ярусу 100-120 років. Найбільш характерними в трав'яний-кустарнічковом ярусі є види тайгового мелкотравья. Проективні покриття трав і чагарнички від 15 до 30%. У мохово покриві домінують гілокоміум блискучий, плевроціум Шребера. Постійно присутні політріхум звичайний, дікраніум многоножковий.

Іншим поширеним видом похідних лісів є соснові ліси, які переважають на вододільних поверхнях річок Вуяяни і Малий Юган.
Вони розташовані на добре дренованих пагорбах і стелить легкосуглинисті і супіщаними опідзоленими грунтами. Перший ярус утворений сосною, іноді з участю кедра і берези бородавчастої. Другий ярус темнохвойних або відсутній. Трав'яний-кустарнічковий ярус зімкнуті на
25-35%. Переважають чагарнички: чорниця, брусниця, багно, крім того, велика частка тайгового мелкотравья: осоки кулястої, хвоща лісового, ліннеі північній.

Сосняк лишайникові (соснові бори) в заповіднику майже відсутні.

На центральних слабо дренованих частинах межиріч переважають оліготрофние сфагнові болота з грядово-мочажіннимі і грядово-мочажінно - озерковимі фітоценозами, що займають плоскі вершини і пологі схили великих болотних масивів. На більш великих схилах боліт і не дренованих межиріччях розвиваються сосново-кустарнічково-сфагнові групи формацій (рями). Мікрорельєф Рямов кочковатий, купини займають 40% поверхні, висота купин 0,4-0,7 м.

осоково-гіпновие болота низинного і перехідних типів мають у заповіднику невелике поширення.

рівнинній території, віддаленість від біогеографічних (зональних) кордонів визначає невелике флористичне різноманітність. Судинних рослин на території заповідника відзначено 334 види, мохів - 113 видів, лишайників -
165 видів.

Флористичне різноманітність
| Група рослин | Число | | |
| | Видів | пологів | |
| Гриби | 116 | 219 | |
| - Аскоміцети | 13 | 14 | |
| - Базидіоміцети | 103 | 205 | |
| Лишайники | 44 | 165 | |
| Усього нижчих рослин | 160 | 384 | |
| Мохоподібні | 47 | 113 | |
| Судинні | 189 | 334 | |
| - Папоротеподібних | 11 | 18 | |
| - Голонасінні | 5 | 6 | |
| - Покритонасінні | 173 | 310 | |
| З них синантропних | | 18 | |
| Усього вищих рослин | 236 | 446 | |

У таблиці наведено кількість родів і видів, достовірно встановлених у заповіднику до теперішнього часу.
З видів рослин і грибів, занесених до Червоної книги, в заповіднику зустрічаються: лобарія легенева, надбороднік безлистому, рогатік маточного і ожини коралоподібні.

Тваринний світ
Вивчення теріофауна на території заповідника почалося з 1984 року співробітниками наукового відділу. До 1999 року зафіксовано проживання 36 видів ссавців, що належать до 6 загонам і 13 родин.

Серед комахоїдних звичайні і найбільш численні представники сімейства Мідицеві, які віддають перевагу темнохвойні заплавні ліси, їх чисельність у соснових лісах значно нижче. Найчастіше зустрічаються звичайна і мала бурозубки, чисельність равнозубой і середньої бурозубок значно нижче. Бурозубки-крихітка дуже рідкісна, щорічно відловлюються лише поодинокі особи. По берегах річок і струмків водиться кутора.

Кажани представлені сімейством гладконосих летючих мишей. Відзначено проживання єдиного виду - північного кожанка, іноді потрапляє в павутинні мережі при вилов птахів для кільцювання.

Загін гризунів представлений 15 видами.

Чисельність білки в регіоні (як і в усьому ареалі) схильна до різких підйомів і спадів. Основним фактором, що визначає її коливання, є трофічний. Динаміка чисельності має величезний розмах в залежності від врожаю основних кормів, досягаючи по роках 10-12-кратного зміни чисельності популяції. У неврожайні для хвойних рослин роки відзначаються масові міграції, в ході яких чисельність білки на нетривалий час у прохідних біотопах піднімалася до 500 особин на 1000 га.

Бурундук також поширений по всій лісової площі заповідника. У оптимальні роки він досягає чисельністю 20-30 особин на 1 км2. Широко поширена, але нечисленна летяга. Через сутінкового способу життя реєструється рідко, віддає перевагу заплавні змішані біотопи.

Важливою складовою фауни тайгових біотопів є мишоподібні гризуни, службовці основною їжею для різних хижаків. У вилову домінує червона полівка, особливо високої чисельності вона досягає в заплавних темнохвойних і соснових зеленомошно-ягоднікових лісах в період масового врожаю ягід і кедрових горіхів, коли відвідуваність пасток іноді досягає
100%. Руда полівка зустрічається значно рідше і в набагато меншому кількості. Дуже нечисленна червоно-сіра полівка, ще рідше зустрічаються лісова і польова миші, а також темна полівка. У заболочених біотопах і на околицях боліт зустрічаються полівка-економка та лісової лемінг.
Лісова мишовка зазвичай тяжіє до річковим заплавах, харчуючись різними насінням і ягодами. По берегах струмків та річок з густою рослинністю трав'яний мешкає водяна полівка, іноді утворюючи колоніальні поселення.

Ондатра була акліматизована в Ханти-Мансійському окрузі в 1933-1937 рр.. і швидко досягла промислової чисельності. Однак через епізоотій і необмеженого промислу її запаси до цього часу значно знизилися. У заповіднику ондатра заселяє річки, старі жінки та озера практично по всій площі, проте високої чисельності ніде не досягає.

У минулому в межиріччі Великого і Малого Югана жили річкові бобри. Зараз найближчим районом їх проживання є басейн річки Дем'янко на південь від заповідника. За неперевіреними даними сліди життєдіяльності бобрів в 1998 році відзначені поблизу території, що охороняється, в 15 км від південно-західного кута заповідника.

Єдиним представником Зайцеподібні є заєць-біляк. Зустрічається у всіх біотопах, включаючи великі вододільні болота. Найбільш улюблені місця - заплави річок з густими заростями верболозу, де в сприятливі роки досягає щільності населення до 50 особин на 1000 га.
З хижих ссавців у заповіднику мешкає 13 видів. Самий численний представник сімейства куньіх, що нараховує 8 видів, соболь, запас якого в сприятливі роки становить 2-2,5 тисячі особин.
Соболь відноситься до так званого Тобольської кряжу, що характеризується великими розмірами і світлим забарвленням хутра. Окремі самці досягають ваги більше 1 кг. Зустрічається повсюдно, однак воліє лісовкриті райони. Максимальної чисельності (до 7-8 особин на 1000 га) досягає в заплавних кедрово-смерекових і ялицево-березових з ялицею і кедром лісах, у соснових та змішаних лісах щільність населення дещо нижче (4-5 особин на 1000 га). Чисельність схильна до значних коливань, в залежності від урожайності та доступності основних кормів - мишоподібних гризунів, кедрового горіха, різних ягід.

Колонок в заповіднику дуже рідкісний, і відзначаються, як правило, поодинокі зустрічі слідів в зимовий період. Інші дрібні Куницеві - ласка та горностай, зустрічаються набагато частіше. Чисельність ласки за останні роки значно зросла. Віддаючи перевагу темнохвойні і соснові ліси, вона охоче також відвідує і великі болота. Відмічені випадки прямого переслідування дрібних куньіх сильнішим соболем, який витісняє їх з деяких біотопів.

Борсук - дуже рідкісний на території заповідника вид, чисельність якого невисока. Щорічно відзначаються лише поодинокі зустрічі самих звірів і слідів їхньої життєдіяльності по всій території.

зазвичай і широко поширена росомаха. У заповіднику мешкає близько 20-30 тварин.

Вперше американська норка в окрузі була випущена в 1940 році. З тих пір вона багато разів розмножилася і зайняла всі придатні місцепроживання. Видра зустрічається значно рідше, однак також є звичайним мешканцем багатьох водойм заповідника.

Під час зимових міграцій можливий захід до заповідника песця. У заплавах великих і середніх річок звичайна лисиця, чисельність якої останнім часом підвищилася. Зрідка відзначаються зустрічі з тваринами, що мають темне забарвлення хутра, так званими чорнобурки. Більшість відомостей про таких зустрічах надходить з р.Малого Югана.

рідкісний у заповіднику вовк. Його поширення обмежує низька щільність копитних і глубокоснежние зими. Щорічно відзначаються лише поодинокі зустрічі пар і одинаків, часто пасуть стада північних оленів.

На території, що охороняється і в прилеглих районах дуже рідко зустрічається рись.

Повсюдно зустрічається бурий ведмідь. Стаціальное розміщення і щільність залежать від наявності і термінів дозрівання основних кормових рослин. Навесні і восени він часто зустрічається на відкритих болотах. Щільність популяції в оптимальних біотопах становить близько 0,9 особин на 1000 га.

Копитні представлені двома аборигенними видами - лосем і північним оленем.
У 1990-1991 рр.. в заповіднику були відзначені поодинокі особи кабана, імовірно розселилися з партії, випущеної в басейні р.Демьянкі. Однак кабани тут не прижилися, останні сліди відзначені в
1992 році.

Чисельність північного оленя за результатами авіаучетов за останні 10 років значно знизилася. Основною причиною цього - збільшений у зв'язку з розширенням нафтогазодобування поблизу кордонів заповідника фактор неспокою.
За результатами останніх авіаучетов в 1996 році щільність популяції в болотних біотопах склала 1,1 особи на 1000 га.

Улюблені місця проживання лося - заплавні темнохвойні і змішані ліси.
Велика кількість підросту мілколистної порід залучає його на відновляються гарі і старі вирубки. Охоче використовує для пересування і годування сейсмологічні профілі, прорубані до організації заповідника.
Максимальної щільності досягає в басейні р.Негус'ях, до 1,2 особи на
1000 га.

Фауна земноводних в заповіднику нараховує 4 види. Широко поширені сіра жаба і остромордая жаба, а також сибірський углозуб. Дуже рідко зустрічається сибірська жаба.

З плазунів відзначені 2 види - ящірка живородяща і звичайна гадюка. Ящірка живородяща - звичайний в заповіднику вид, зустрічається по всій території, вважає за краще добре освітлені, розріджені лісові ділянки і узлісся боліт. Гадюка звичайна - звичайна, у певні роки місцями численна, віддає перевагу вологі біотопи, часто зустрічається по берегах озер, стариць, в кочкарніках на узліссях лісу поблизу боліт, на верхових болотах.

Птахи
Основними напрямками орнітологічних досліджень у заповіднику є інвентаризація орнітофауни, фенології птахів, кільцювання, контроль за станом популяцій видів, занесених до Червоної книги Росії, вивчення питань динаміки чисельності та ін На стаціонарі Когончіни-2 в заплаві р.Негус'ях проводиться вилов птахів павутинним мережами для кільцювання. У Протягом 10 років у заповіднику окільцьовані 13531 особина 103 видів птахів.

На території заповідника відмічено 93 види загону горобиних (разом з залітними).

тетерячих Юганську заповідника представлені типовими тайговими видами -- рябчик, тетерев, глухар і біла куріпка. Відомі поодинокі заліт перепела, що відноситься до сімейства Фазанові.

Єдиним представником сімейства лелечих є чорний лелека -- представник Червоної книги Росії. Він хоч і рідко, але регулярно зустрічається в заповіднику і в регіоні. Дуже рідко зустрічається велика бугай із сімейства чапель.

Ще на початку 20 століття на території Сургутської району звичайним був білий журавель (стерх). Тепер він тут не зустрічається. Єдиним представником сімейства журавлиний є сірий журавель, що гніздяться в невеликій кількості на великих болотах. Найчастіше зустрічаються в заповіднику інші представники цього загону - види сімейства Пастушкова: деркач, погониші. До регіону також залітають лисуха і камишніца.

У заповіднику зустрічається гусак-Гуменник тайгового підвиди. Гуменник з заповідника зимує в Голландії (мається повернення кільця), тобто на території округу гніздиться Гуменник західного підвиду, більш нечисленного, ніж східний. Досить широко розповсюджений лебідь-кликун. В останні роки стали відзначатися заліт галагаза, яку відносять до групи видів, які активно освоюють нові території.

Найбільш масовим видом качиних є чирок-свистунок. Він заселяє все водойми - заплави річок, озера і озерця серед боліт. Йому трохи поступається в чисельності гоголь, який також заселяє всі типи водойм. Сильно варіює чисельність свищів. Але в цілому цей вид належить до групи звичайних, як і шилохвіст, яка заселяє болота з озерцями. Групу нечисленних видів становлять чирок чирянка, луток, чубата чорніти, червоноголовий нирок. Крижень, звичайна в інших місцях, в умовах тайгових межиріч з вузькими заплавами зустрічається рідко. На прольоті перераховані види доповнюють морська чорніти, морянка, качка, сіньга, великий і середній крохалі, Білолобий гуска, а також піскулька і червоновола казарка, занесені до Червоної книги.

Самими звичайними прирічкових видами загону Сивкоподібні є перевізник і чорниш. На болотах напівколоніальні гніздяться великі веретільники спільно з чайки, фіфі, турухтанамі і звичайними бекаси. В глибині болотних масивів звичайні середні кроншнепи. Окремо від інших видів на болотах у невеликих озерець гніздиться великий Улита. Зрідка на річках заповідника зустрічається мородунка, а на болотах дліннопалий пісочник, гаршнеп і звичайний дупель. В останнє десятиліття відзначено скорочення чисельності єдиного лісового кулика - вальдшнепа. Відомі заліт лісового дупель. Кулик-сорока, зрідка зустрічається на прольоті, вимагає уточнення подвідовой приналежності. Материковий підвид кулика-сороки, включено до останнього видання Червоної книги. Групу пролітних доповнюють бурокрила сивки, галстучника, зуйок, красунчик і ін гніздування зуйкавідомо на Великий Юган. Великий Кроншнеп зустрічається рідко.

Найчастіше об'єктами спостережень із загону Соколоподібні є рідкісні,але добре помітні в природі види - орлан-білохвіст і скопа. Беркутзустрічається рідко. Вкрай рідко, і тільки на прольоті, зустрічається сапсан.
Перебування кречета на території заповідника потребує підтвердження. Всіці види - представники Червоної книги Росії. Самими звичайнимипредставниками денних хижаків є перепелятник і чеглок. Доситьзвичайні - осоед, польовий лунь і звичайний канюк. Тетерев'ятник частішезустрічається в зимовий час і на прольоті восени. У літній час зустрічі зним рідкісні. На прольоті звичайним видом є зімняк і дербнік. Відомийзаліт кібця.

Загін Совоподібні на території заповідника представлений 7 видами. Філін --найбільша сова - включено до останнього видання Червоної книги Росії. УОстаннім часом самими звичайними совами є бородата сова імохноногий сич. Довгохвоста сова нечисленна. Найменша сова
- Горобиний сич, досить звичайний. Самою нечисленною совою єяструбиним. Болотная сова, що здійснює регулярні сезонні міграції, дужесхильна до коливань чисельності.

Риби
На території заповідника відзначено постійне проживання 10 видів риб, і ще
2 види зрідка реєструються в прилеглих районах. У різних водоймахзаповідника зустрічаються щука, окунь, йорж, плотва сибірська, язь, ялець,золотий і срібний карасі, а також піскар і ян. На Великий Югандуже рідко відловлювали нельма і минь.