Після водворенія на престол енергійної постаті Петра в Росії починається енергійна злам старого ладу і оновлення його за західними зразками. Петро не був релігійною людиною в тому сенсі, в якому був ним його батько. Питання релігії та віри не були для Петра той "страшної святістю", про яку не осмілювався вільно помислити цар Олексій.
Ще в молодості Петро висловлював чолі російського духовенства свої побажання про підняття рівня грамотності й освіти серед духовенства, про організацію шкіл. Але патріарх цурався нововведень і нічого не робив у вказаному царем напрямку. Дуже сильні тертя виникли з приводу брадобритие, але Петро твердо стояв на своєму і вів себе по відношенню до глави духовенства так, що той вважав за краще піти.
З кожним роком невдоволення Петра духовенством все посилювалася, так що навіть звик більшу частину своїх невдач і труднощів у внутрішніх справах приписувати таємного, але завзятій протидії духовенства.
У 1700 році після смерті патріарха Адріана охоронцем та управителем патріаршого престолу був призначений митрополит рязанський і муромський Явроскій, співчуваючого реформам. Йому були доручені тільки справи віри, а всі інші справи, що знаходилися у віданні патріарха були розподілені за наказами. В 1701 році був відновлений монастирський наказ, у веденні якого відійшли патріарший двір, архієрейські будинку, монастирські землі і господарства.
Незабаром вийшов ряд указів, рішуче скорочував самостійність духовенства. Особливою чищенні піддалися монастирі. Їм заборонялося володіти вотчинами і угіддями. Жити вони повинні були за рахунок своєї праці. Також був виданий указ, що забороняє просити і подавати милостиню, але він зустрів дуже сильний протест і непослух. Особливим указом 1718 пропонувалося православним обивателям неодмінно відвідувати церкви і в храмах стояти з благочестям і буде мовчати, слухаючи святу службу, інакше загрожував штраф, що стягується тут же.
25 січня 1721 Петро підписав маніфест про встановлення святійшого синоду і 14 лютого відбулося урочисте відкриття нового управління церквою. Склад найсвятішого синоду визначався за регламентом в 12 "уряду особливо", з яких 3 неодмінно повинні були носити сан архієрея. Президентом синоду був призначений митрополит Стефан. Сінодскім указом 1722 були встановлені певні штати духовенства, як би замкнувши цим духовний стан в ньому самому.
Наприкінці січня 1724 Петро опублікував знаменитий указ про звання чернечому, про визначення в монастирі відставних солдатів і про заснування семінарій і госпіталів. Але через рік Петра не стало і цей указ його не встиг увійти в життя з усією повнотою, як хотів того перетворювач.
За Петра духовенство стало перетворюватися в такий же стан, що має свої права і обов'язки, як шляхетство і городяни. У результаті духовних реформ Петра найсвятішому синоду тепер стало не на що спертися духовенство розгромлено і поставлено в положення слуг уряду, пов'язаних вихідними від нього розпорядженнями.